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資料種別 図書

ゲノムレベルの遺伝解析 : MAPとQTL

鵜飼保雄 著

詳細情報

タイトル ゲノムレベルの遺伝解析 : MAPとQTL
著者 鵜飼保雄 著
著者標目 鵜飼, 保雄, 1937-
出版地(国名コード) JP
出版地東京
出版社東京大学出版会
出版年月日等 2000.1
大きさ、容量等 350p ; 22cm
ISBN 4130602063
価格 5800円
JP番号 20035268
出版年(W3CDTF) 2000
件名(キーワード) 遺伝子
NDLC RA111
NDC(9版) 467.3 : 遺伝学
対象利用者 一般
資料の種別 図書
言語(ISO639-2形式) jpn : 日本語

目次
 

  • ゲノムレベルの遺伝解析
  • 目次
  • はじめに iii
  • 第I部 遺伝解析の基礎と原理 1
  • 第1章 組換えと乗換え 3
  • 1.1 遺伝子の連鎖と組換え 3
  • 1.1.1 連鎖発見の歴史 3
  • 1.1.2 遺伝用語 4
  • 1.1.3 遺伝子の組換えと組換え価 7
  • 1.1.4 染色体の乗換えと地図距離 9
  • 1.1.5 「組換え」と「乗換え」の混乱 10
  • 1.1.6 連鎖群と連鎖地図 11
  • 1.2 キアズマの形成様式 13
  • 1.2.1 減数分裂における染色体の対合とキアズマ 13
  • 1.2.2 キアズマに関与する染色分体 14
  • 1.2.3 染色体あたり平均キアズマ数の種間および種内変動 18
  • 1.2.4 同じ染色体のキアズマ数の細胞間での分布 19
  • 1.2.5 染色体あたりキアズマ数の染色体腕間分布 20
  • 1.2.6 染色体腕上でのキアズマの位置の分布 21
  • 1.3 キアズマの遺伝的制御と環境による変動 23
  • 1.3.1 キアズマ生起の遺伝的制御 23
  • 1.3.2 キアズマ生起のモデル 26
  • 1.3.3 キアズマの環境による変動 28
  • 1.4 キアズマと乗換え 29
  • 1.4.1 シナプトネマ構造および組換え節とキアズマ 29
  • 1.4.2 キアズマと乗換え 30
  • 第2章 DNAマーカーと連鎖地図 33
  • 2.1 DNAマーカーと多型 33
  • 2.1.1 RFLP 35
  • 2.1.2 RAPD 38
  • 2.1.3 AFLP 39
  • 2.1.4 SSR 40
  • 2.2 連鎖地図 41
  • 2.2.1 連鎖地図構築の歴史 41
  • 2.2.2 連鎖地図作成におけるDNAマーカーの利点 43
  • 2.2.3 連鎖地図作成におけるDNAマーカーの特殊性 44
  • 2.2.4 マーカーについての用語 44
  • 2.3 分離世代の養成 45
  • 2.3.1 自殖性植物における分離世代 45
  • 2.3.2 他殖性生物における分離世代 47
  • 2.3.3 物理地図 51
  • 2.3.4 倍数性の問題 52
  • 2.3.5 交配親の近縁性 53
  • 2.3.6 環境の調整 54
  • 2.4 マーカー数と個体数 54
  • 2.4.1 マーカー数 54
  • 2.4.2 供試個体数 55
  • 2.5 プログラムの準備 55
  • 2.5.1 プログラムの入手 55
  • 2.5.2 プログラムの使用 55
  • 2.6 データの入力 56
  • 第II部 連鎖地図の作成とその理論 59
  • 第3章 分離比の検定 61
  • 3.1 X2分布による適合度検定 61
  • 3.2 分離比のX2検定 64
  • 3.2.1 F2 65
  • 3.2.2 戻し交配 67
  • 3.2.3 倍加半数体(DH) 68
  • 3.2.4 F2由来組換え近交系(RIL,Fm) 69
  • 3.2.5 他殖性 70
  • 3.2.6 カイコ型F2 70
  • 3.3 分離比の歪み 71
  • 3.3.1 分離比の歪みの原因 71
  • 3.3.2 致死因子による分離比の歪み 71
  • 3.3.3 誤分類による分離比の歪み 72
  • 3.3.4 半数体作出における分離比の歪み 72
  • 3.3.5 その他の原因 73
  • 3.4 分離型の判定 73
  • 3.4.1 ホモ接合体とヘテロ接合体の識別 73
  • 3.4.2 分離型間の識別 74
  • 第4章 連鎖検定 77
  • 4.1 連鎖検定の原理 77
  • 4.2 X2検定による連鎖検定 78
  • 4.2.1 連鎖検定の一般的記述 78
  • 4.2.2 F2:両相互交配(double intercross) 81
  • 4.2.3 両戻し交配((P1)BC,(P2)BC) 84
  • 4.2.4 倍加半数体(DH) 85
  • 4.2.5 F2由来組換え近交系(RIL,Fm) 86
  • 4.2.6 他殖性 87
  • 4.2.7 カイコ型F2 87
  • 4.3 尤度比による検定 87
  • 第5章 組換え価の推定 91
  • 5.1 組換え価推定の旧法 91
  • 5.1.1 組換え価推定の歴史 91
  • 5.1.2 BatesonーPunnettの古典的方法 92
  • 5.1.3 乗積比法 93
  • 5.2 最尤法 93
  • 5.2.1 尤度 94
  • 5.2.2 対数尤度 95
  • 5.2.3 スコア 95
  • 5.2.4 双対法 96
  • 5.2.5 Fisher情報量と推定値の標準誤差 98
  • 5.3 組換え価の推定 99
  • 5.3.1 F2 99
  • 5.3.2 戻し交配 110
  • 5.3.3 倍加半数体(DH) 112
  • 5.3.4 F2由来の組換え近交系(RIL,Fn) 112
  • 5.3.5 カイコ型F2データにおける組換え価推定 116
  • 5.4 組換え価推定上の効率 119
  • 5.4.1 F2における優性分離(相反)の問題 119
  • 5.4.2 推定可能な組換え価の最小値と最大値 112
  • 5.4.3 まとめマッピング法 125
  • 5.4.4 組換え価推定における世代の選択 128
  • 5.4.5 他殖性生物における組換え価推定の問題 132
  • 5.5 遺伝子型間の生存率差および致死因子 134
  • 5.5.1 分離の歪み 134
  • 5.5.2 形質自体に遺伝子型間で生存率差がある場合 135
  • 5.5.3 マーカーとは別に致死因子が存在する場合 136
  • 5.5.4 致死因子の作用様式の判定 141
  • 5.5.5 単一座の分離比におよぼす致死因子の影響 142
  • 5.6 誤分類の組換え価推定への影響 145
  • 5.6.1 質的形質またはマーカー型の誤分類 145
  • 5.6.2 量的形質の判別における誤分類 146
  • 第6章 マーカーの群分けと順序づけ 151
  • 6.1 連鎖群へのふり分け 151
  • 6.1.1 群分けにおける問題点 151
  • 6.1.2 群分けの最近隣座法 153
  • 6.1.3 異なる連鎖群を同一とみなす誤り 156
  • 6.1.4 1連鎖群を2群以上に分けてしまう誤り 159
  • 6.2 連鎖群内の順序 162
  • 6.2.1 3点法 163
  • 6.2.2 多点法 163
  • 6.2.3 多次元尺度解析法 164
  • 第7章 地図関数 173
  • 7.1 地図距離と組換え価の関係 173
  • 7.1.1 組換え価の非加法性 173
  • 7.1.2 地図距離の定義 174
  • 7.1.3 ごく小さい区間における地図距離と組換え価の関係 175
  • 7.1.4 地図距離と組換え価の一般的関係 176
  • 7.2 染色体長を含まない地図関数 179
  • 7.2.1 Haldaneの地図関数 179
  • 7.2.2 Kosambiの地図関数 182
  • 7.2.3 Raoの一般化地図関数 186
  • 7.2.4 経験的地図関数 186
  • 7.3 染色体長を考慮した地図関数 187
  • 7.3.1 Sturtの地図関数 187
  • 7.3.2 中部動原体型染色体の地図関数 189
  • 7.4 地図関数の比較 190
  • 第8章 連鎖地図とその遺伝育種的利用 195
  • 8.1 連鎖地図の作成 195
  • 8.1.1 連鎖地図の描き方 195
  • 8.1.2 連鎖地図のデータベース化 196
  • 8.1.3 連鎖地図の飽和度 197
  • 8.1.4 形質遺伝子のマッピング 199
  • 8.1.5 複数の連鎖地図の統合 200
  • 8.1.6 バルク分離型解析 202
  • 8.1.7 動原体のマッピング 203
  • 8.1.8 欠走マッピング 208
  • 8.1.9 連鎖地図の安定性 208
  • 8.2 連鎖群と染色体の対応 211
  • 8.2.1 In situハイブリダイゼーション 211
  • 8.2.2 異数体利用 212
  • 8.2.3 転座染色体の利用 215
  • 8.3 地図距離と物理距離との関係 215
  • 8.3.1 kb/cM比 215
  • 8.3.2 進化にともなうkb/cM比の増大 216
  • 8.3.3 kb/cM比と染色体数および染色体長の関係 217
  • 8.3.4 染色体内におけるkb/cM比の変動 217
  • 8.3.5 連鎖地図の将来における意義 218
  • 8.4 グラフ遺伝子型 219
  • 8.4.1 グラフ遺伝子型とは 219
  • 8.4.2 グラフ遺伝子型と分離世代 220
  • 8.4.3 育種における品種系譜とグラフ遺伝子型 221
  • 8.4.4 グラフ遺伝子型による乗換え点の推定 222
  • 8.4.5 グラフ遺伝子型によるマーカー順序の検証 223
  • 8.4.6 特定区間にあるマーカーの検出 225
  • 8.5 連鎖地図の遺伝育種的利用 225
  • 8.5.1 形質遺伝子座の位置決定 225
  • 8.5.2 量的形質の解析への応用 225
  • 8.5.3 マーカー利用戻し交配 226
  • 8.5.4 倍数性や染色体構造変異の検出 228
  • 8.5.5 進化におけるシンテニー 230
  • 8.5.6 異種間における主働遺伝子の相同性 232
  • 8.5.7 マップ利用クローニング 233
  • 第III部 QTL解析 235
  • 第9章 量的形質の遺伝効果 237
  • 9.1 量的形質の遺伝モデル 237
  • 9.1.1 量的形質とは 237
  • 9.1.2 量的形質の遺伝子型と表現型 239
  • 9.1.3 量的形質の遺伝効果(相加効果,優性効果,エピスタシス) 241
  • 9.2 純系由来集団の平均 243
  • 9.3 2純系由来集団の分散と共分散 245
  • 9.4 遺伝率と寄与率 247
  • 9.4.1 広義および狭義の遺伝率 247
  • 9.4.2 寄与率 248
  • 第10章 QTL解析の理論 249
  • 10.1 区間マッピング法 249
  • 10.1.1 QTL解析の原理 249
  • 10.1.2 F2における区間マッピング法 256
  • 10.1.3 戻し交配世代((P1)BC)263
  • 10.1.4 倍加半数体(DH) 266
  • 10.1.5 組換え近交系(RIL) 268
  • 10.1.6 カイコ型F2 270
  • 10.2 区間マッピング法によるQTL解析の効率 270
  • 10.2.1 区間マッピング法におけるマーカー間隔 270
  • 10.2.2 LODの期待値 271
  • 10.2.3 QTLの検出効率と閾値 274
  • 10.2.4 QTL検出上の偽陽性 275
  • 10.2.5 QTL検出のための並べかえ検定 277
  • 10.2.6 QTL位置の推定値の精度 279
  • 10.2.7 LODの精度 281
  • 10.2.8 遺伝効果の推定値の精度 282
  • 10.2.9 ブートストラップ法 285
  • 10.3 分散分析法によるQTL解析 285
  • 10.3.1 分散分析法 285
  • 10.3.2 QTL検出の必要個体数 287
  • 10.3.3 分散分析法の問題点 288
  • 10.4 重回帰分析によるQTL解析 288
  • 10.4.1 重回帰分析法の原理 288
  • 10.4.2 重回帰分析法の特徴 291
  • 10.5 複合区間マッピング法 291
  • 第11章 QTL解析の効率向上と遺伝育種的利用 295
  • 11.1 QTL解析についての留意点 295
  • 11.1.1 QTL解析における世代の選択 295
  • 11.1.2 QTL解析における交配親の選択 297
  • 11.1.3 QTL解析における遺伝効果と環境変動 297
  • 11.1.4 形質 298
  • 11.1.5 QTL解析の効率に関連する要因 301
  • 11.1.6 他殖性生物におけるQTL解析 302
  • 11.1.7 情報 302
  • 11.2 QTL解析に関連した方法 303
  • 11.2.1 選択的遺伝子型決定法 303
  • 11.2.2 DNAまとめ法 303
  • 11.2.3 置換マッピング法および類似の方法 304
  • 11.2.4 無作為交配または相互交配の利用 305
  • 11.3 QTLの遺伝育種的利用 305
  • 11.3.1 QTLと主働遺伝子 305
  • 11.3.2 QTLとポリジーン 306
  • 11.3.3 QTLの染色体上位置 307
  • 11.3.4 QTLの機能 308
  • 11.3.5 QTLの同和性 308
  • 11.3.6 表現型選抜とマーカー利用選抜 310
  • 11.3.7 遺伝子ピラミッド化 312
  • 11.3.8 遺伝効果 313
  • 11.3.9 QTL遺伝効果の安定性 314
  • 11.3.10 遺伝資源としてのQTL 316
  • 引用文献 319
  • 索引 346

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